「沿岸域における自然環境の保全に関する指針」の概略は図3及び表3に示すとおりである。 八重山諸島全域で、 評価ランク I (自然環境の厳正な保護を図る区域)は83区域 評価ランクII (自然環境の保護・保全を図る区域)は12区域 評価ランクIII (自然環境の保全を図る区域)は6区域 評価ランクIV (自然環境の創造を図る区域)は5区域 である。
各々の地域の概要は、以下に記す通りである。 (1)評価ランク I (自然環境の厳正な保護を図る区域) 石垣島東部・北部、西表島のほぼ全域、石西礁湖や各島々周辺区域がこれに相当する。 (2)評価ランクII (自然環境の保護・保全を図る区域) 石垣島の名蔵湾、石垣港周辺、西表島の干立、船浦などがこれに相当する。 (3)評価ランクIII (自然環境の保全を図る区域) 石垣島の崎枝湾奥部、西表島の大原港、船浦港、上原港などがこれに相当する。 (4)評価ランクIV (自然環境の創造を図る区域) 石垣島の石垣港、宮良湾、与那国島の久部良港、祖納港などがこれに相当する。